卷首有章炳麟序、日本丹波元简《伤寒论辑义》序及凡例，并载伤寒论综概、仲景原序、陆九芝“补后汉书张机传”。卷一至卷三为辨太阳病脉证井治，卷四至卷六为辨阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴、霍乱、阴阳易差后劳复病脉证并治。恽氏以《伤寒论辑义》为基础，将体会见解写成按语，附于有关条文之后，并增加了部分中日《伤寒论》注家的注文，间亦参以西医知识。