上卷叙干支配脏腑、病因、运气主病、脉诊等内容；中卷论伤寒六经传受，分析病证与治法；下卷集仲景麻黄汤、桂枝汤、益元散、凉膈散、黄连解毒汤等34方。卷终有“伤寒传染论”一则，明确提出“秽气”、“秽毒”致病的观点。