以“脏腑经络先后病脉证治第一”“痉湿[U668D]病脉证治第二”为卷一、卷二，将《伤寒论》最后两篇“霍乱病脉证并治”、“阴阳易差后劳复病脉证并治”作为卷三、卷四，以“百合狐惑阴阳毒病脉证第三”为五卷。余者编次依旧，并将“杂疗方”及“禽兽鱼虫禁忌并治”、“果实菜谷禁忌并治”等3篇删而未录。另附“灵枢药义”一卷于卷末。《金匮要略》方后加减法与篇后附方，吴氏以为系后人所增，亦删去不录。该书上自陶弘景，近迄曹蔼如，博采53家详注《金匮》原文。