全书分5部分。第一部分《青囊药性赋》，收药248种，分寒、热、温、平四性；又有药性赋，收药69种，诸品药性赋，收药199种，均以歌赋形式介绍其性味、功用、主治等；第二部分《药性歌括》，收药395种，每药下记述性味、功用、主治、炮制等内容。第三部分《分类药性》，收药799种，根据功效、主治分为75类，仅列药名，间注用法、炮制、功用等。第四部分为《本经便读》，收药250种，分上中下三品，分别记述性味、功用、主治、用法、宜忌、毒性等内容。第五部分摘要介绍《名医别录》《唐本草》《本草拾遗》等11部古代本草文献所载药物。