上卷为瘟疫明辨，辨论诸症及立法，其中设方83首；下卷为分类各病治方，245首，分见于泄泻门、痢疾门、疟疾门、中寒门、中暑门、痉病门、胃脘病门、翻胃门、呃逆门、疝气门、血证门、虚劳门、幼科门、杂治门、霍乱病源论、腹痛证治、消渴证治、肿满胀黄瘅论、妇科胎产、临产须知及产后摘要。