卷一为五轮图说、五轮病因病形治法大略、12经验证大略、轮廓经络相因受病论；卷二为孙真人眼科72证秘诀、孙真人治法大略、宜清宜补辨吹冲当先补论、外障49种有不宜吹冲者和内障22候有不宜吹冲者、退翳用药次第论；卷三为辨证总论、辨眼证虚实论、辨眼疼有虚实论、辨药宜忌论、辨五轮用药论等19论；卷四为治老年眼证总论；卷五为眼证诸方，分为孙真人秘诀诸方、治老年眼证诸方、治眼证补益诸方、治时行眼证诸方等；卷六为点眼诸方、眼证行针法和眼科药性。书中附有认眼、眼科药性等歌诀，载录临证治眼方剂67首。