卷一分为形质篇、气化篇、平人篇，简略阐述生命与功能；卷二病人篇，论述中风、历节、吐哕、下利、消渴、淋病、黄疸、痉病、头风等病辨治方法；卷三论述虚劳、血痹、衄血、惊悸、痰饮、水气、肺痿、肺痈、奔豚气等辨证论治；卷四论四时伏气病、痢疾、虫胀、妇人杂病、产后病及妊娠病的辨证施治；卷五对阴阳消长说、五运六气说、三才一气说、两精相搏等学说，精辟释义，并附百病扼要说；卷六阐述气血的生成与运行，三焦功能，以及膀胱、命门、精血等。