卷一前列“万金统一述”，总论天地人、阴阳五行、脏腑功能、主病脉证等。次载药性歌、诸病主药、脏腑、经脉等项目。卷二～八分别论述内外妇儿五官等科病证184种，每病均阐述病因、病机、治法，方药等内容，后附医案。末附“云林暇笔”，为医学随笔，包括“医家十要”、“病家十要”等等。