全书3集，每集33种，共99种。裘氏取《礼记》“医不三世，不服其药”及《左传》“三折肱知为良医”之典，遂题名为“三三医书。”所辑内容包括内、外、妇、儿等临床各科、针灸、本草、方书、医案、医话、医论等各类医著。以明、清两代稀见且学术价值较高的医学著作为主，并收入少数日本人所撰的“汉方医学”著作。