本书每卷都有抄录者的序言和凡例，并注明抄录原书之作者，以及校正、注释等事项。故用“指髓”之名，作者认为骨髓乃人体的精华，而脉法、六经之论则为“医髓”，至于温病、伤寒等，更为医道之精髓。遂将此书分为《伤寒指髓》《金匮指髓》《温病指髓》《脉法指髓》《腧穴指髓》《针灸指髓》《六经指髓》7种。