本书系恽氏为阐发《黄帝内经》要旨，批驳余云岫攻击《黄帝内经》之谬说而作。卷一首论《黄帝内经》之发源、成书、读法及总提纲，次述《黄帝内经》与《易经》关系，以及五行、四时、甲子等相关问题。卷二通过对扁鹊、仓公医案之剖析，以及《黄帝内经》治法与仲景《伤寒论》之互证、标本中气、七损八益等专题讨论，以求证古本《黄帝内经》，并说明古人如何运用《黄帝内经》法则。卷三系其对余氏《灵素商兑》诋毁《黄帝内经》、否定阴阳五行学说所做的专篇论辩。