作者认为，《难经》经历代传抄，篇目次序混乱，层次倒置，气脉隔阂，为恢复其本来面目，须重新编次校正，故名“编正”。上卷为一难至四十难，下卷为四十一难至八十一难；每四难合而作一疏解，计21疏。全书编正30处。本书体例，先列出30处更改的内容及理由，再列编次后的原文，凡更改处均以朱笔说明。