本书卷首上载自序、张仲景传、凡例、通论，下载“三阳三阴提纲”。卷一为论集、论脉、伤寒例、温病、伤暑、湿病、伤燥等；卷二至卷六为六经病篇；卷七为霍乱病、阴阳易、差后劳复病篇；卷八至卷十六杂病篇，从“脏腑经络先后病”至“果实菜谷禁忌并治”篇。黄氏谨遵宋本《伤寒论》《金匮要略方论》，并上溯《灵枢》《素问》《难经》，旁参《金匮玉函经》《针灸甲乙经》《脉经》《诸病源候论》《千金方》《外台秘要》等注释阐发，辨其讹误，补其脱缺，正其谬误，详其音义。其中“三阳三阴提纲”为黄氏研究六经之心得。