全书分“六十年运气相临参会温病疫疠源流附立法用药”和“辨诸家五运六气”两部分。认为“辨阴阳之变化、明五行之精微实为万世医学之源”。首先演绎五运六气、客气加临之说以为温病疫疠之源由，并对徐灵贻、陈修园各医家所论五运六气进行析解。